L'opera mostra il battesimo di Cristo in una composizione abbastanza tradizionale, con Gesù al centro rivolto verso lo spettatore, mentre Giovanni Battista, a destra, lo battezza da una rupe e a sinistra aspettano tre figure angeliche dalle vesti sgargianti (allegoria delle tre Virtù teologali); in alto poi appare la figura di Dio Padre tra cherubini e serafini, che invia la colomba dello Spirito Santo.

Le tre figure femminili sono anche ricordo delle figure angeliche che la tradizione iconografica poneva a fianco del Cristo battezzato. La linea dorata dell'aurora mattutina sul fondo segna semanticamente l'àmbito terreno da quello divino. L'uomo qui non è centro ordinatore di un universo che domina ma fibra di un tutto con cui vive in armonia.

Alcuni hanno attribuito l'angelo in rosso alla mano di Giorgione. La capanna in alto a destra simboleggia il Vecchio Testamento; a sinistra, sulla sommità del colle, il castello simboleggia il Nuovo Testamento.

Come da tradizione iconografica l'acqua del fiume si ferma ai piedi del Cristo, per evitare che vi si specchi, non potendo esistere più di una figura divina. Un altro elemento simbolico è il pappagallino rosso, simbolo della Passione.

La parte più straordinaria della pala è legata all'eccezionale morbidezza dei toni del paesaggio e del cielo, che smorzano i contorni delle figure avvolgendole, in sorprendente anticipazione sui tempi del tonalismo che avrà poi i suoi esiti più alti nella pittura di Giorgione e Tiziano Vecellio. La stessa modulazione luminosa, ora incidente, ora tenue, ora poco presente, enfatizza l'asse divino che va dalla figura scultorea di Gesù fino alla figura dell'eterno, che ne riprende posa e fisionomia.

Il paesaggio è ampio e riposante. Dal cielo scende una calda luce che si insinua nelle valli attorno al Giordano. Risulta mirabile la conquista sicura della prospettiva atmosferica e degli impasti cromatici per i quali, come è stato detto, "il colore acquista la densità di un respiro che viene dal profondo". "I personaggi, in dimensioni naturali, coinvolgono al massimo lo spettatore all'interno della scena, miracolosamente in equilibrio tra lo spettacolo della natura e la contemplazione del mistero".